醫師會以牙周專用器械伸入到牙齦發炎的底部徹底清除牙齒表面與深部的牙結石和被汙染的齒質及發炎的肉芽組織，此過程為牙根整平術，並且會教導病患如何正確使用牙刷刷牙、牙線和牙間刷清潔口腔衛生。在治療期間和病患平常的口腔維護下，發炎流血的牙周組織會恢復健康。
牙根整平術需實施一個月後再全口評估要不要進入第二階段的手術性治療（牙周翻瓣術）。但大多數的患者都在此階段治療有大幅度的改善的，可直接第三階段治療。
第一階段完成後，醫師會全口評估需不需要再進一步接受牙周手術治療；將牙齦切開、翻開牙肉去除牙周囊袋較深層的牙結石及發炎組織後再將牙肉縫合起來。如果病患牙槽骨已被細菌破壞，出現中度至重度骨缺損，醫生就會建議病患接受牙周組織引道再生手術，就是補骨粉在骨頭缺損處然後覆蓋再生膜最後將牙肉縫合。
經過漫長的治療後，牙周病受到良好的控制。但是口腔內每天都會有上百種的細菌與我們共存，所以牙菌斑隨時都會存在。除了每天繼續維持口腔清潔的習慣之外還必須定期３－６個月到診所保養，由醫師為您作口腔〝大掃除〞的工作以避免牙周病再發生哦。